En 1730 surge en el mismo convento de San Luis El Real la cofradía de Nuestra Señora de la Concepción Dolorosa, entendida como reorganización de la antigua Hermandad de la Pura y Limpia Concepción de Nuestra Señora, a tenor de otros casos similares que se habían producido en esta época.   

El 25 de junio de 1783, el rey Carlos III ordenó la extinción de las hermandades gremiales y todas las erigidas sin autoridad real ni eclesiástica, decretando que sólo pudieran subsistir las aprobadas por ambas potestades, además de las Sacramentales por el sagrado objeto de su instituto y la necesidad de auxiliar a las parroquias, luego, inexorablemente, para proseguir su labor apostólica, unas y otras tuvieron que redactar nuevos estatutos y remitirlos al Consejo para su examen y aprobación.

Consecuentemente, para subsistir, la Cofradía de Nuestra Señora de la Concepción Dolorosa se unió a la Sacramental de los Santos Mártires, hecho acreditado en los Estatutos de 1856 y 1867.

A causa de la desamortización decretada por Mendizábal en 1835, la Cofradía de Nuestra Señora de la Concepción Dolorosa se ve a obligada a abandonar el convento de San Luis el Real en 1838, año en el que se traslada a la Parroquia de los Santos Mártires Ciriaco y Paula, templo en el que ocupó la capilla de San Ildefonso, cuya perpetua cesión le concedieron sus patronos, los Condes de Villalcázar, como así consta en el documento perteneciente al protocolo del escribano D. Francisco Piñón y Tolosa:

“En la ciudad de Málaga, a los tres días del mes de marzo de 1838, ante mí, el escribano público, comparecen D. Fernando Fernández del Villar y D. Bartolomé Chacón, Hermanos Mayores de la Cofradía que se conoce en la ciudad con la advocación de Nuestra Señora de la Concepción Dolorosa, y a los que doy fe, conozco y dicen: que habiendo extraído de la primitiva capilla, sita en el convento de San Luis el Real, la imagen de aquel nombre a consecuencia de la enajenación hecha por el gobierno de todo aquel convento, han buscado los relacionantes y demás hermanos, otra capilla donde dar culto a dicha imagen dolorosa,  habiendo encontrado la de San Ildefonso, que se halla en la iglesia parroquial de los Mártires de esa ciudad, perteneciente al condado de Villalcázar, cuyos poseedores, patronos perpetuos de la indicada hermandad, han escrito al que lo es actualmente para que ceda dicha capilla de San Ildefonso”.

En la reforma de Estatutos de 1856 quedó constancia del nombramiento a perpetuidad del Conde de Villalcázar de Sirga en calidad de Hermano Mayor, antiguo patrono y cesionario de la capilla de los Mártires.

En el siglo XIX, el objeto principal de la cofradía era el “mayor culto a Nuestra Señora”, motivo por el que desestimaron procesionar a la Imagen, debido a los elevados costes que ello suponía.

En Semana Santa, la Junta de Gobierno quedaba autorizada para ubicar ante el camarín la imagen de Nuestra Señora, San Juan y el Sudario, con la posible magnificencia, procurando que no excediese el gasto la cantidad de quinientos reales. En los sufragios por los hermanos difuntos se establecía una misa rezada que se oficiaría en el altar de Nuestra Señora todos los días de precepto.

La Santísima Virgen contaba con gran veneración por parte de sus hermanos, entre quienes se encontraban los miembros de las familias más distinguidas de la ciudad, como el Obispo de la ciudad de Málaga, Monseñor D. José Bonel y Orbe, quien posteriormente fuera designado confesor de la Reina Isabel II. Nombrado Cardenal, estuvo presente en el cónclave convocado en Roma en el año 1854, por el que el pontífice Pío IX proclamó el Dogma de la Inmaculada Concepción de María.

La Hermandad organizó en 1855 un oficio religioso con motivo de la proclamación del mencionado Dogma. Del periódico “El Avisador Malagueño”, transcribimos la noticia referente a los preparativos que se realizaban:

“Se está adornando la fachada de la parroquia de los Santos Mártires para la solemne función que debe tener lugar en ella, por la declaración dogmática de la Inmaculada Concepción. Esta función la hace la Hermandad de (…) la Concepción Dolorosa (…) y en ella piensa desplegar la mayor pompa y la solemnidad”.

Dos días más tarde, el referido periódico volvía a recordar os trabajos de iluminación y de adorno que se desarrollaban en la fachada de la iglesia de los Santos Mártires para la función religiosa del domingo 8 de julio de 1855:

“Las puertas y todo alrededor de la fachada están adornadas con arcos formados de verdes ramas Hay un zócalo también de ramaje. De trecho en trecho, en grandes tarjetones transparentes, hay composiciones poéticas a la Virgen, y sobre la puerta de la fachada principal hay una Concepción pintada, sobre una basa que contiene también unos versos. La iluminación de vasos de colores debe estar vistosa, particularmente los colocados en las columnas de la puerta principal, entre el verde ramaje de que están revestidas. Hay multitud de banderas en la calle y en la torre de la iglesia. La iluminación y la música, debe haber llevado a la plaza de los Mártires y alrededores una gran concurrencia”.

A finales de la centuria se recuperaría la faceta procesionista, a tenor de una noticia publicada 1893 en “El Avisador Malagueño”, cuya crónica comenzaba así:

El Martes Santo salió desde el templo de los Santos Patronos la Hermandad de la Concepción Dolorosa”. “El Avisador Malagueño” Miércoles Santo de 1893.

De esta referencia de prensa podemos deducir un cambio de mentalidad de los cofrades decididos a recuperar el culto externo, o bien una mejora de la situación económica que permitiera afrontar los gastos de la salida procesional.

En los primeros años del siglo XX la cofradía atravesó tiempos muy difíciles y estuvo a punto de desaparecer. El entusiasmo de su Hermano Mayor, D. Miguel Morales Gutiérrez, salvó la crisis y en 1915 reanudó su vida normal.

A principios de este siglo, la Virgen de la Concepción Dolorosa procesionaba, en clara representación de la visión concepcionista de María, sin palio, con media luna a sus pies y bajo un bellísimo resplandor de plata que circundaba a la efigie de Nuestra Señora, labrado en 1782 y desaparecido durante el saqueo de la iglesia de los Santos Mártires en 1931.

En 1920, posiblemente debido a dificultades económicas y a fin de evitar su desaparición, se agregó a la Cofradía de Nuestro Padre Jesús Orando en el Huerto, constituyendo desde entonces una única corporación.