A principios del siglo XX, la inestabilidad económica y social afectó profundamente a muchas hermandades, lo que llevó a varias a unirse para sobrevivir. En 1920, las Cofradías de la Oración del Huerto y de Nuestra Señora de la Dolorosa Concepción se fusionaron, permaneciendo vinculadas, aunque conservando cierta autonomía en su gobierno interno.

Durante la década de 1920, la Hermandad se esforzó por mejorar su patrimonio procesional y su presencia pública, incrementando su patrimonio artístico. Procesionaba el Lunes Santo, convirtiéndose en la única procesión en Málaga ese día en aquel momento.

Los sucesos de 1931 y la Guerra Civil provocaron graves pérdidas, con la casi totalidad del patrimonio procesional destruido, salvo las imágenes del Señor y la Virgen, ambas gravemente dañadas. Las procesiones se suspendieron de 1932 a 1941. En 1938, la imagen del Cristo fue restaurada por Francisco Palma, y ​​en 1941 se adquirió la actual imagen del siglo XVIII de Nuestra Señora de la Concepción, devolviendo así el esplendor y la devoción a la Hermandad.